La etapa de Educación Secundaria Obligatoria (12–16 años) se organiza en cuatro cursos: 1º, 2º, 3º y 4º de ESO.
De acuerdo con la dinámica de la escuela y la riqueza de su Modelo Educativo, se sigue atendiendo personalmente a cada alumno para facilitarle el mejor rendimiento de sus cualidades, en continuidad con lo iniciado en los cursos anteriores.
El aprendizaje, en el que el alumno es el protagonista, se consigue mediante metodologías interactivas, que son también las metodologías que se encontrará en la Universidad y lo preparan también para el aprendizaje a lo largo de toda la vida.